Anne sütünün sindirimi kolaydır ve hazımsızlık yapmaz. Bebek sindirim sistemi ve karaciğer henüz erişkinlerin seviyesinde gelişmiş olmadığından anne sütü dışındaki gıdaları sindirmekte zorluk çekerler. Bağırsaklardan emilen besin öğeleri henüz tam gelişmemiş olan bebek karaciğeri tarafından yeteri derecede süzülemeden ve düzenlenmeden kana verilirler buda ileride çok ciddi besin alerjilerine, sindirim bozukluklarına yol açabilir.
Ağızda Sindirim
Tükürük olmasına karşın dişler olmadığından ağızda sindirim yok denecek kadar azdır. Bebek, emmek suretiyle besinini alır, özellikle sadece anne sütüyle beslenen bebeklerde sindirim midede başlar. Karışık beslenen bebeklerde karbonhidrat içerikli besinlerin sindiriminin bir kısmı ağızda gerçekleşir.
Tükürük
Tükürük salgısı, yeni doğanda azdır. Kuru besinler ve süt, tükürüğü artırır; sulu besinler azaltır. Çocuklarda tükürük ve ağız içi, asit ortamıdır. Ağız kenarlarında kalan süt, ağız içinde asit meydana getirir. Bu da pamukçuk hastalığına sebep olur. Pityalin salgısı 4. aydan sonra başlar. Pityalin, nişastaya etki ederek dekstrini maltoza çevirir.
Midede Sindirim
Süt çocuğunda mide hareketleri azdır. Midenin boşalması 2–2,5 saatte olur. Anne sütü 1,5-2 saatte, inek sütü 2-2,5 saatte, toz sütler 2 saatte, koyu şekerli sütler 2,5 – 3 saatte mideyi terk eder. Süt çocuğunun midesi, enzim ve asit bakımından yetişkinden farklıdır. Sindirim esnasında serbest asit çok azdır. Midede sindirim çok az olur. Aminoasitler ve tuzlar çok az miktarda emilebilir. Proteinin çok az kısmı peptona çevrilir. Çocuk, meme emerken anne sütünün kazeini ufak parçalar halinde çöker, onun için sindirimi kolaydır. İnek sütünün kazeini büyük parçalar halinde çöktüğünden sindirimi güçtür. Anne sütünde bulunan lipaz, yağların bir kısmını yağ asitleri ve gliserine parçalar.
Bağırsak Sindirimi
Mideden on iki parmak bağırsağına gelen besinler, üç çeşit sindirim enziminin etkisi ile parçalanır. Pankreas enzimleri; tripsinojen, maltaz, amilaz, lipas, prematüreler hariç doğuştan vardır. Bağırsak enzimleri ise; amilaz, maltaz, invertaz, enterokinaz, tiripsin, lipazdır. Karaciğer hücreleri tarafından salgılanan, safradır.
Süt çocuğunun bağırsağı yetişkine nazaran daha uzundur. Sindirim ve emilme, ince bağırsakta olur. İnce bağırsakta sindirim ve emilme; pankreas, safra, bağırsak enzimlerinin yardımı ile yapılır. Kalın bağırsağın enzimi yoktur yalnız müsin salgılar. İnce bağırsakta emilemeyen az miktardaki besin buradan emilir. Geri kalan artıklar (gaita) dışarı atılır. Bazı mikroorganizmanlar burada B12 vitamini sentezler.